He probado muchos programas: MPGjoin, Easy Video Joiner, EO Video, etc. Pero el que mejor me ha funcionado es el TMPG Encoder, que es un programa que puedes conseguir fácilmente en Internet. Lo descargas  y lo instalas. Recuerda registrarlo. Además tiene una utilidad francamente imprescindible: que puede convertir ficheros divx y más formatos a mpg1 o mpg2 para poder hacer VCD's y ver videos en tu DVD. Abre el programa, y ejecuta "file" i "MPEG tools", tal y como indico con la flecha roja en el gráfico de la derecha.

Te sale la ventana de la derecha y marca la casilla Merge & Cut (1). Después escoge el formato de salida en la casilla Type (2), yo lo dejo en automático, pero puedes ecoger salida VCD o SVCD, es cuestión de gustos y hacer pruebas. En la casilla Add (3) escoge los vídeos que quieras unir y te aparecen en el recuadro central, no olvides ponerlos en orden. En la casilla Browse (4), escoge el directorio donde quieras que se te almacene el archivo unido. Por último dale a Run (5) y a esperar: lo hace muy rápido.